В предыдущих выпусках: Благодаря канистре таинственного вещества и чудесному стечению обстоятельств четыре маленьких черепашки и ручная крыса Сплинтер мутировали в разумных человекоподобных существ. Сплинтер стал наставником и отцом юных черепашек, обучил их искусству ниндзюцу и дал им имена: Леонардо, Рафаэль, Микеланджело и Донателло. Пережив нападение на Убежище смертоносных роботов Маузеров и исчезновение Сплинтера. Черепашки знакомятся с девушкой по имени Эйприл О'Нил и переезжают жить к ней на квартиру. В поисках пропавшего наставника наши герои проникают в здание T.C.R.I., откуда телепортируются в далёкий космос и знакомятся с выдающимся учёным, заключенным в тело робота, Фуджитоидом, а также вступают в конфронтацию с враждующими расами людей Федератов и динозавроподобных Трицератонов. Вернувшись на Землю, Черепашки ближе знакомятся с таинственными пришельцами из здания T.C.R.I. Утромами, исцелившими их учителя Сплинтера, и узнают о причастности пришельцев к своему происхождению. Воссоединившись со Сплинтером, Черепашки теперь живут среди людей, у Эйприл. Жизнь продолжается, и для Черепашек наступает первое Рождество на поверхности...