В предыдущем выпуске: Ровно тринадцать лет назад благодаря воле случая и канистре таинственного вещества четыре маленьких черепашки и ручная крыса Сплинтер мутировали в разумных человекоподобных существ. Сплинтер стал наставником и отцом юных черепашек и дал им имена: Леонардо, Рафаэль, Микеланджело и Донателло. В Нью-Йорке возникает террористическая угроза, когда таинственный незнакомец сообщает в телеэфире, что готов уничтожить любое здание в городе. Злодеем оказывается преуспевающий учёный Бакстер Стокман, создавший уникальных механических роботов "Маузеров" и совершающий с их помощью успешные ограбления банков. Помощница Бакстера Эйприп О'Нил раскрывает план учёного и становится новой мишенью для Маузеров. К счастью, ей на помощь приходят Черепашки-Ниндзя! Вместе они пробираются в подземную лабораторию преступного гения и уничтожают центральный компьютер. Угроза в лице Стокмана предотвращена, но вовремя пи?