В предыдущем выпуске: Ровно тринадцать пет назад благодаря воле случая и канистре таинственного вещества четыре маленьких черепашки и ручная крыса Сплинтер мутировали в разумных человекоподобных существ. Сплинтер стал наставником и отцом юных черепашек и дал им имена: Леонардо, Рафаэль, Микеланджело и Донателло. Черепашки побеждают безумного учёного Бакстера Стокмана и его механических монстров, Маузеров, однако не успевают вовремя: их убежище подвергается нападению смертоносных роботов. В результате ожесточенной схватки мастер Сплинтер оказывается серьёзно ранен. Изможденный и умирающий, он попадает в таинственное место, которым руководят... странные существа! Между тем, Черепашки обращаются за помощью к Эйприл О'Нил, своему первому другу среди людей. Девушка дает мутантам временное убежище в подвале своего дома. Стараясь не унывать и надеясь на лучшее, юные Черепашки не прекращают поиски Сплинтера.