В предыдущем выпуске: Ровно тринадцать пет назад благодаря воле случая и канистре таинственного вещества четыре маленьких черепашки и ручная крыса Сплинтер мутировали в разумных человекоподобных существ. Сплинтер стал наставником и отцом юных черепашек и дал им имена: Леонардо, Рафаэль, Микеланджело и Донателло. Черепашки побеждают безумного учёного Бакстера Стокмана и его механических монстров, Маузеров, однако не успевают вовремя: их убежище подвергается нападению смертоносных роботов. В результате ожесточенной схватки мастер Сплинтер оказывается серьёзно ранен. Изможденный и умирающий, он попадает в таинственное место, которым руководят... странные существа! Черепашки теперь живут среди людей, у девушки по имени Эйприп О'Нил, а у Рафаэля появляется ещё один друг, виджиланте в хоккейной маске по имени Кейси Джонс. Стараясь не унывать и надеясь на лучшее, юные мутанты не прекращают поиски Сплинтера...