В предыдущем выпуске: Ровно тринадцать лет назад благодаря воле случая и канистре таинственного вещества четыре маленьких черепашки и ручная крыса Сплинтер мутировали в разумных человекоподобных существ. Сплинтер стал наставником и отцом юных черепашек и дал им имена: Леонардо, Рафаэль, Микеланджело и Донателло. Убежище Черепашек и Сплинтера подвергается нападению Маузеров, механических роботов, созданных безумным ученым Бакстером Стокманом. В результате ожесточенной схватки злодей оказывается повержен, но раненый мастер Сплинтер исчезает без вести. Черепашки теперь живут среди людей, у девушки по имени Эйприл О'Нил, а у Рафаэля появляется ещё один друг, виджиланте в хоккейной маске, известный как Кейси Джонс. Поиски приводят юных мутантов к таинственному зданию T.C.R.I., каким-то образом связанному с тайной их происхождения, С трудом проникнув внутрь, где им удаётся обнаружить погружённого в сон наставника, братья сталкиваются с похожими на мозги пришельцами в экзокостюмах! Пытаясь сбежать, Черепашки активируют устройство, которое отправляет их в неизвестность...