В предыдущем выпуске: Благодаря воле случая и канистре таинственного вещества, пятнадцать лет назад четыре маленьких черепашки и ручная крыса Сплинтер мутировали в разумных человекоподобных существ. Сплинтер стал наставником и отцом юных черепашек и дал им имена: Леонардо, Рафаэль, Микеланджело и Донателло. В поисках пропавшего Сплинтера Черепашки попадают в здание с аббревиатурой T.C.R.I., где подвергаются нападению таинственных мозгообразных существ и активируют устройство, которое переносит их в далекий космос, на планету Д'Хуниб. Здесь они знакомятся с профессором Ханекаттом - выдающимся ученым, заключенным в тело робота и объявленным беглецом - Фуджитоидом. Обладая знаниями о создании телепортирующего устройства Трансмата, способного стать грозным оружием, Ханекатт становится лакомым куском для враждующих между собой рас людей Федератов и динозавроподобных Трицератонов. Защищая Ханекатта, единственного их билета домой. Черепашки попадают в родной мир Трицератонов, где становятся гладиаторами и вынуждены сражаться с самыми выдающимися бойцами. Одержав победу, Черепашки берут ситуацию в свои руки и с боем прорываются к пленному Фуджитоиду. Бесчисленные противники загоняют мутантов и робота в угол, но внезапное свечение вновь переносит наших героев в неизвестность...