В предыдущем выпуске: Благодаря воле случая и канистре таинственного вещества, пятнадцать лет назад четыре маленьких черепашки и ручная крыса Сплинтер мутировали в разумных человекоподобных существ. Сплинтер стал наставником и отцом юных черепашек и дал им имена: Леонардо, Рафаэль, Микеланджело и Донателло. Убежище Черепашек и Сплинтера подвергается нападению Маузеров, механических роботов, созданных безумным ученым Бакстером Стокманом. В результате ожесточенной схватки злодей оказывается повержен, но раненый мастер Сплинтер исчезает без вести. В поисках пропавшего Сплинтера наши герои проникают в здание T.C.R.I., откуда телепортируются в далекий космос и знакомятся с выдающимся ученым, заключенным в тело робота и объявленным беглецом, Фуджитоидом, а также вступают в конфронтацию с враждующими расами людей Федератов и динозавроподобных Трицератонов. Вернувшись на Землю, Черепашки ближе знакомятся с таинственными пришельцами из здания T.C.R.I. Утромами, исцелившими их учителя Сплинтера, и узнают подробности своего происхождения. Воссоединившись со Сплинтером, Черепашки теперь живут среди людей, у девушки по имени Эйприл О'Нил. Жизнь продолжается...