В предыдущем выпуске… Пятнадцать месяцев назад четыре черепашки были украдены вместе с секретной формулой мутагена из лаборатории "Стокген речерч". Разумная крыса по имени Сплинтер помешала этому, но при этом все они подверглись воздействию мутагена. До начала трансформации одну из черепах, по имени Рафаэль украл бездомный кот. В данный момент черепашки-ниндзя ищут своего брата Рафаэля. Тем временем Рафаэль одиноко блуждает по улицам, пока не знакомится с юным мстителем - Кейси Джонсоном. К несчастью, они натыкаются на того самого кота, который, мутировав, стал главарем банды - старым бесом!